Код вставляйте там где хотите чтобы отображались часы ! ВСЕ !
А чуть не забыл не советую вам менять код из за того что часы просто напросто работать на вашем сайте не будут !

<a target="_blank" href="http://clicken.in/flashcloc/37-flash-chasy-dlya-vashego-sayta.html" title="Поставить на свой сайт такие часы"><embed src="http://clicken.in/clock.swf"width="200" height="200" wmode="transparent" type="application/x-shockwave-flash"></embed>